Phyrexia è un piano artificiale interamente fatto di metallo. È stato creato da un viandante di cui non si conosce molto, si sa solo che ha preferito assumere la forma di un drago. Era molto simile a Mirrodin finché Yawgmoth accompagnato dalla viandante Dyfed non è arrivato sul piano. Con lui vi erano anche i Thran infetti, allontanati come traditori dal loro regno.
Storia
I thran corrotti, aiutati da Yawgmoth, escogitarono vari stratagemmi per invadere Dominaria, costruendo ingegnose macchine di morte e distruzione. Gli abitanti di Phyrexia sapevano che il loro piano non sarebbe rimasto integro in eterno, perché essendo artificiale, poteva essere soggetto a disastrosi collassi. Tuttavia, quando fu tutto pronto per l'invasione, il portale che collegava Phyrexia a Dominaria, situato nelle grotte di Koilos venne chiuso da Glacian. Egli trasfuse la sua scintilla (inconsapevole di possedere) nelle due pietre, la Mightstone e la Weakstone. Sua moglie Rebbec utilizzò le due pietre per sigillare il portale, che rimase chiuso per cinquemila anni.
Nel frattempo, Argivia venne fondata e i due fratelli Urza e Mishra nacquero. In giovane età vennero mandati al campo studio di Tocasia, un archeologo. Un giorno durante uno dei loro scavi, addentratisi nelle caverne di Koilos, i due fratelli incapparono nelle due pietre, poggiate su due piedistalli. Incuriositi le sollevarono, ridando vigore al portale che legava Phyrexia con Dominaria. Colta al volo l'occasione, Yawgmoth decise di mandare in avanscoperta il demone Gix. Con il tempo scoppiò la guerra dei due fratelli, che vide Mishra allearsi con i Phyrexiani nel tentativo di uccidere il fratello. La guerra terminò quando il Golgothian Sylex esplose, dando vita al catastrofico evento dell'allontanamento dei piani, conosciuto come i frammenti dei dodici mondi. Questo spostamento del piano di Dominaria, causò un allontanamento dal piano di Phyrexia, causando la nuova chiusura del portale.
Nuovamente i Phyrexiani dovettero attendere per la loro invasione. Urza nel frattempo era diventato un Planeswalker ed aveva iniziato a vagare per i piani. Su uno di questi incontrò Xantcha, un agente dormiente di Phyrexia, che era stato esiliato dal suo piano. I due vennero inseguiti per diverso tempo dai Phyrexiani. Dopo un lungo girovagare, tornarono infine su Dominaria, a Terisiare, alla fine dell'era glaciale, quando Freyalise, pose fine ai frammenti dei dodici mondi con un suo incantesimo. Gix tornò nuovamente su Dominaria, accompagnato da una folta schiera di demoni. I phyrexiani infatti avevano iniziato a muoversi silenziosamente su Dominaria. Quando Urza seppe dell'imminente invasione dei phyrexiani, decise di affrontarli insieme ad un grande esercito, alle caverne di Koilos, dove riuscì a vincere. Preoccupato da un nuovo attacco, il planeswalker si apprestò a costruire l'arma che avrebbe dovuto distruggere i phyrexiani definitivamente.
Yawgmoth stava intanto meditando una nuova invasione e grazie ad una nuova sostanza appena scoperta, i mutaroccia, ordinò la costruzione di un nuovo piano artificiale chiamato Rath, un piccolo universo che fungeva come da "tasca" per Dominaria e che nessun planeswalker avesse potuto trovare. Rath fungeva da punto di sosta per le truppe phyrexiane, tra Phyrexia e Dominaria. Il volume del piano surrogato cresceva a dismisura, con la precisa intenzione di sovrapporsi a Dominaria. Questo collegamento trasferì alcune delle specie di Dominaria su Rath e queste si adeguarono all'ambiente. Yawgmoth decise di nominare un evincario, per governare Rath. Il primo fra tutti fu Davvol e a cui fece seguito il famoso Volrath fratello di Gerrard.
Quando i phyrexiani furono pronti per l'invasione, si fecero strada con armi tecnologiche e navi volanti dai cieli di Rath a quelli di Dominaria. Vista l'invasione, la coalizione fece partire le navi da Benalia. Tsabo Tavoc, generale di Phyrexia, affrontò la coalizione sui cieli di Koilos e di Yavimaya, perdendo. Con la sconfitta del generale (che ritornò su Phyrexia) ad opera di Gerrard e Karn e la distruzione dei portali con Phyrexia, la prima ondata era terminata.
Non passò molto tempo prima che Rath si sovrapponesse su Dominaria e decretò l'inizio della seconda ondata. Tsabo Tavoc venne punito per la sua sconfitta e venne sostituito da Crovax.
A questa invasione, la coalizione rispose con l'invasione di Phyrexia da parte dei nove titani, nove planeswalkers armati con macchine gigantesche che utilizzavano anche come armature, chiamate appunto titani. Una volta invaso il piano con l'obbiettivo di raggiungere e distruggere la camera in cui risiedeva Yawgmoth, vennerò però intralciati da Tevesh Szat, uno dei nove viandanti, che li tradì uccidendo Daria, un altro membro dei nove. Urza aveva inserito un rubrik (una bomba legata all'anima del planeswalker che occupava uno dei titani), che poteva azionare a suo piacimento, uccidendo il controllore del titano. Una volta attivata quella nel titano di Tevesh Szat, questi morì nell'esplosione. Convinto dagli angeli meccanici di Phyrexia, Urza uccise nello stesso modo anche un altro membro dei nove, Taysir. Fatto questo, venne condotto alla settima sfera del piano, dove vide Mishra come signore delle lande devastate, poi insieme a Gerrard raggiunge la nona sfera del piano, dove risiedeva Yawgmoth.
Urza venne spogliato da Yawgmoth dei suoi poteri di Planeswalker e combatté con Gerrard che intanto passò dalla parte del nemico, sotto la falsa promessa di Yawgmoth, di potergli ridare il suo perduto amore: Hanna. Gerrard alla fine decapitò Urza, lasciando a Yawgmoth la libertà di poter invadere nuovamente Dominaria. Si manifestò come una nuvola di morte, che uccideva ogni essere vivente che incontrava e che diventava un soldato non morto di Phyrexia. Quando la Cavalcavento distrusse la Nullmoon e dopo che l'immensa quantità di mana bianco venne rilasciata su Yawgmoth, questi decise di attaccare direttamente la nave, provocando una cataclismica esplosione che lo uccise. I Phyrexiani vedendo la morte del loro dio, decisero di abbandonare ogni speranza di conquista.
Dopo un secolo, Karona, la dea fasulla, nella ricerca di un piano per ogni colore di mana, approdò su Phyrexia un piano colmo di mana nero. Giunse voce che Yawgmoth era ora uno spirito che dimorava all'interno di un vulcano. Quando Karona tornò su Dominaria, venne presa per pazza, in quanto Yawgmoth era considerato morto ed Urborg venne nominata: Urborg, tomba di Yawgmoth.
Struttura del Piano
Phyrexia è strutturata in nove sfere, nove strati, ognuno con il proprio scopo, molti di questi sono meccanici.
Prima Sfera
Questa sfera parodizza la natura. Una finta foresta, composta da macchine imita la natura, simulando delle piogge con un liquido oleoso. Vi è anche un fiume oleoso che l'attraversa. L'aria è densa di cenere e polvere di ruggine, mentre delle macchine stabiliscono quali devono essere completate e quali vanno lasciate in stato di abbandono.
Seconda Sfera
Gli scarti della prima sfera risiedono qui. Tubi, congegni e altri oggetti metallici affollano le gigantesche discariche della sfera.
Terza Sfera
Qui i tubi metallici creano delle distorsioni temporali che impediscono ai planeswalkers di andare avanti. Gli orrori di Phyrexia abitano questa sfera.
Quarta Sfera
Questa è la sfera dove abita la maggior parte della popolazione di Phyrexia. Qui risiede il culto di Yawgmoth e le caserme di addestramento. Tramite l'uso di una grande quantità di energia e il sacrificio di numerosi artefatti, vennero generati svariati portali per vari piani.
Quinta Sfera
Questa sfera è un enorme mare di petrolio luccicante, chiamato il mare in ebollizione.
Sesta Sfera
In questa sfera risiede il governo di Phyrexia e tutti i funzionari che lo gestiscono.
Settima Sfera
Questa sfera è una fornace di fuoco. Qui risiede la prigione, dove i prigionieri e i miscredenti vengono torurati. Si sa che solo Gix è sopravvissuto a questa infernale sfera. I gremlins vivono qui.
Ottava Sfera
Non si conosce molto di questa sfera. Si sa solo che è un luogo di pura energia, che alimenta il piano, come una sorta di nucleo.
Nona Sfera
In questa sfera risiede la residenza di Yawgmoth fino all'ultima invasione. Da qui il dio oscuro amministrava l'intero piano.